Nehmen wir einfach mal an, das Wasser läuft oben in den Außenbereich der Gummidichtung rein, sammelt sich natürlich unten und läuft dann nach innen- wenn es sich genug gestaut hat - ins Fahrzeug rein. Um dieses " Innenreinlaufen" zu verhindern, kann man außen unten die Dichtung anheben und ein kleines Klötzchen einschieben, so daß das Wasser nach außen ablaufen kann. Das war früher die schnelle Abhilfe bei "lecken" Windschutzscheiben, als diese noch nicht geklebt waren.
Wenn man's richtig machen will: Fenster komplett raus und mit neuem Dichtmittel - früher hieß das Regenleistenzement - wieder einsetzen.
Karosseriefirmen sind da fit bei solchen Problemen, dauert vielleicht eine Stunde
Grüße
DU1313